I membri della cooperativa di genitori che hanno fondato la scuola sono di provenienza culturale, ideologica e politica assai diversificata, ma sono accomunati dall’intento di trovare per i propri figli, ormai in età da liceo, una scuola dove i ragazzi potessero anzitutto crescere liberi, acquisire un giudizio proprio sulla vita e sul mondo. Il primo presidente del Consiglio di amministrazione, imprenditore e alpinista appassionato, desidera dar vita a una scuola “che faccia crescere uomini, non burattini indottrinati, manipolabili o indifferenti; una scuola di tutti e per tutti, senza vincoli ideologici, di censo o religiosi”. Inoltre, viene condivisa l’intuizione che i problemi sociali e civili del territorio possano essere affrontati meglio da un’iniziativa comune di cittadini che non dalle pubbliche istituzioni cui vengono demandati solitamente.
Per queste ragioni, nel Giugno del 1988 venti imprenditori e uomini di cultura di Carate Brianza fondano una società cooperativa a r.l. denominata “Istituzione Culturale Don Carlo Gnocchi”, la cui ragione sociale è l’avvio di un Liceo Classico e Scientifico legalmente riconosciuto. Ricevono da subito il sostengo dell’allora Cassa Rurale ed Artigianale di Carate Brianza, oggi Banca di Credito Cooperativo, e dell’Amministrazione comunale di Carate Brianza, che mette a disposizione le aule e i locali necessari per la struttura scolastica (si tratta del secondo caso in Italia di una scuola non statale che viene allocata in un edificio di proprietà di un ente pubblico).
Nel Settembre 1988 prendono avvio le prime due classi, con 21 studenti; il disavanzo viene coperto con donazioni di privati, dentro e fuori l’ambito dei soci.
Nell’Aprile 1989 il Ministero concede il riconoscimento legale. Nell’anno scolastico 1996/97 viene allestito un laboratorio informatico e viene avviato un corso sperimentale di Liceo Giuridico-economico (attuale Socio-economico) per rispondere alle esigenze dell’imprenditoria locale: infatti, l’avvio di questo corso è preceduto da un confronto serrato con le realtà territoriali della BCC caratese, dell’Associazione Industriali di Monza e Brianza, delle associazioni dei Commercianti e degli Artigiani.

Il 29 dicembre 2001 il Liceo Don Gnocchi acquisisce la qualifica di Scuola paritaria. Nell’anno scolastico 2000/01 la scuola è a pieno regime con 20 classi, 520 studenti, 48 docenti e 6 non docenti. Nel 2008, l’Istituzione scolastica Don Carlo Gnocchi e la Cooperativa sociale “In-Presa” avviano congiuntamente il nuovo Istituto professionale alberghiero, di cui il Don Gnocchi detiene la titolarità del corso. Nel gennaio 2011 viene inaugurato un nuovo edificio contenente laboratori di fisica e chimica destinati a ospitare le lezioni curriculari dei corsi esistenti e del nuovo Liceo delle Scienze applicate (avviato a partire dal settembre 2012).